Asaenec se rige por un sistema de autogobierno y por los principios de representación y democracia interna a través de dos órganos fundamentales, que cuentan con el respaldo de un equipo técnico.
Asamblea General de Socios: Es el órgano supremo y soberano de la asociación, integrada por la totalidad de las personas asociadas que se hallen en uso pleno de sus derechos sociales. Adopta sus acuerdos por el principio mayoritario o de democracia interna y deberá reunirse, al menos, una vez al año.
Junta Directiva: Es el órgano colegiado de gobierno, representación y administración de la asociación. Actualmente está compuesta por ocho miembros:
Equipo Técnico: Asaenec cuenta con un equipo multidisciplinar y especializado de seis trabajadores/as que actúan bajo una coordinación interna y unos protocolos de actuación que garantizan el buen funcionamiento y organización de la entidad. Todo desde un enfoque de calidad, eficiencia y eficacia.